Налогоплательщик вправе обратиться в вышестоящий налоговый орган по отношению к УФНС России в ФНС России с жалобой на решение УФНС России, принятое по итогам рассмотрения жалобы (апелляционной жалобы) на решение ИФНС России.
В соответствии с п. 2 ст. 138 Налогового Кодекса РФ в судебном порядке могут быть обжалованы следующие акты:
1) акты налоговых органов ненормативного характера, принятые по итогам рассмотрения жалоб (апелляционных жалоб);
2) акты ненормативного характера ФНС России.
Решение вышестоящего налогового органа, принятое по жалобе налогоплательщика, может являться самостоятельным предметом оспаривания в суде, если оно представляет собой новое решение, а также по мотиву нарушения процедуры его принятия либо по мотиву выхода вышестоящего налогового органа за пределы своих полномочий (п. 75 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации").
Следовательно, в судебном порядке может быть обжаловано решение УФНС России, принятое по итогу рассмотрения жалобы (апелляционной жалобы) на решение ИФНС России.