Статьей 4 Федерального закона № 303-ФЗ установлено, что налогоплательщики, поименованные в подпунктах 1-4 данной статьи в отношении товаров (работ, услуг), полученных до 31.12.2018 включительно из бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, применяют положения пункта 1 и подпункта 6 пункта 3 статьи 170 Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции, действовавшей до дня вступления в силу Федерального закона от 27 ноября 2017 года № 335-ФЗ), согласно которым восстановлению подлежали суммы НДС, принятые к вычету по товарам (работам, услугам), только в случае получения налогоплательщиком из бюджетов бюджетной системы России субсидий на возмещение затрат (включая налог), связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога, а также на возмещение затрат по уплате налога при ввозе товаров на территорию России.
Таким образом, восстановлению подлежат суммы налога, принятые к вычету по товарам (работам, услугам) в случае, если субсидия на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг) включала компенсацию суммы налога, предъявленной продавцом покупателю при их приобретении, либо была получена на возмещение затрат по уплате налога при ввозе товаров на территорию России.
Федеральный закон № 303-ФЗ опубликован на Официальном интернет-портале правовой информации http://www.pravo.gov.ru - 03.08.2018, в связи с чем датой вступления в силу указанного Федерального закона является 3 августа 2018 года.
Учитывая изложенное, начиная с 3 августа 2018 года налогоплательщики, поименованные в подпунктах 1-4 статьи 4 Федерального закона № 303-ФЗ, вправе уточнить свои обязательства по уплате налога за 1 и 2 кварталы 2018 года в отношении сумм НДС, восстановленных на основании подпункта 6 пункта 3 статьи 170 Кодекса в редакции Федерального закона от 27.11.2017 № 335-ФЗ в случае, если к ним не применяются нормы подпункта 6 пункта 3 статьи 170 Кодекса в редакции, действовавшей до дня вступления в силу Федерального закона от 27 ноября 2017 года № 335-ФЗ.
Одновременно в письме от 18.01.2019 № СД-4-3/689@ ФНС России обращает внимание на то, что на налогоплательщиков, применяющих статью 4 Федерального закона № 303-ФЗ, положения пункта 2.1 статьи 170 Кодекса не распространяются в отношении товаров (работ, услуг), приобретенных за счет субсидий, полученных до 31.12.2018.
Подробная информация о исчислении налога на добавленную стоимость содержится в электронном сервисе «Справочная информация» - «Письма ФНС России, направленные в адрес территориальных налоговых органов» на сайте www.nalog.ru.